根据地势高低，全境地貌分为平原洼地、坡地、山地和水域四种类型。其中平原洼地为全市地形主体，面积1080平方公里，占面积的51.7%市境界于黄淮之间，邳州地处北纬34度附近，属半湿润暖温带季风气候，四季分明，日照和雨量充足，年平均气温13.9℃，日照2350小时，降雨量903.6毫米，无霜期211天，丰富的气候资源有利于工农业生产。

全市耕地面积193.9万亩、园地17.1万亩、林地9.7万亩、水域51.9万亩。土壤分为潮土、棕壤土、褐土、砂礓黑土和水稻土五个土类，其中潮土为主要类型，分布于平原地区，面积158.8万亩。境内水系属淮河流域，沂、沭、泗水系，按流向归宿分为中运河、沂河、邳洪河三大水系。共有干支河流42条，承担着行洪、排水、航运等功能。可利用水资源总量近80亿立方米。其中，地表径流总量4.36亿立方米，地表水总水面近80亿立方米。其中，地表径流总量4.36亿立方米，地表水总水面24.16万亩，地下水允许开采量3.37亿立方米，过境客水72亿立方米。矿产资源以非金属为主，共有16个种类，主要有石膏、石灰岩、大理石、石英岩、辉绿岩、高粘土、黄砂、钛铁矿。其中石膏矿为特大型二水软石膏矿床，矿床面积约60平方公里，总储量44亿吨，居华东地区之首，矿藏质地优良，埋藏浅，地质构造、水文情况和开发技术简单；石炭岩矿储量7亿吨，为生产水泥、白灰优质原料；石英岩优质矿储量2亿吨；钛铁矿储量近300万吨。

地势西北高、东南低，河流众多，湖泊、水库星罗棋布，地下水资源较丰富。属暖温带季风气候区，年均气温13.8℃，年降水量916毫米。矿产主要有石膏、石灰岩、白云岩、辉绿岩、石英石、大理石、高黏土、黄砂。国家商品粮和银杏、肉兔生产基地。